Bercerita tentang seorang siswa bernama Kanda Sorata, ia kini harus dipindahkan ke asrama barunya “Sakurasou” karena Sorata bersikeras memungut dan memelihara kucing yang ia temukan karena tak tega membiarkan kucing-kucing tersebut terlantar. Sakurasou sendiri berbeda dengan asrama lainnya, orang-orang disana bisa dibilang agak sinting dan juga jenius. Banyak orang-orang yang tidak mau tinggal disana bahkan Sorata sendiri berniat untuk segera pindah darisana apabila ada orang yang ingin mengurus kucing-kucing terlantar yang ia pelihara. Namun keinginannya tersebut tampaknya tak bisa membuatnya keluar dari Sakurasou karena suatu hari ia ditugaskan oleh Chihiro-sensei untuk merawat keponakannya, Shiina Mashiro. Setelah selang beberapa hari Sorata menyadari bahwa Shiina merupakan gadis yang lugu bahkan tak bisa mengurus kehidupannya sendiri, alhasil ia kini yang harus bertanggung jawab dalam mengurusi Shiina. Dari sinilah kehidupan baru Sorata yang penuh dengan sesak dan masalah yang tiada henti dimulai…
